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[传染病] 中东呼吸综合征相关冠状病毒(2012-nCoV)

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发表于 2020-2-2 00:01:54 | 显示全部楼层 |阅读模式
中东呼吸综合征相关冠状病毒(MERS-CoV)[1]或EMC / 2012(HCoV-EMC / 2012)是βcoronavirus属的一种新型正感单链RNA病毒。

最初被称为新型冠状病毒2012(2012-nCoV)或简称为新型冠状病毒(nCoV),它是在2012年从2012年新流感爆发后生病的人的痰液样本中分离出的病毒的基因组测序后首次报道的。

截至2015年7月,在超过21个国家/地区报告了MERS-CoV病例,包括沙特阿拉伯,约旦,卡塔尔,埃及,阿拉伯联合酋长国,科威特,土其,阿曼,阿尔及利亚,孟加拉国,印度尼西亚(未确认),奥地利 ,[2]英国,韩国,[3] [4]美国,[5] [6]中国大陆,[7]泰国,[8]和菲律宾。[9] MERS-CoV是世卫组织确定的可能导致未来流行的几种病毒之一。 他们将其列出以进行紧急研究和开发。[10] [11]


通过负染色电子显微镜观察到的MERS-CoV颗粒。 病毒粒子包含病毒膜发出的特征性棍状突起。

内容
1 病毒学
1.1 起源
1.2 取向
1.3 传输
1.4 演变
1.5 天然水库
1.6 分类
2 微生物学
3 研究与显露
4 映射
5 参考

病毒学
MERS-CoV病毒是冠状病毒,β-冠状病毒,谱系C的β组的新成员。MERS-CoV基因组在系统发育上分为两个进化枝,进化枝A和B。进化谱系最早的病例是进化枝A簇(EMC / 2012年和Jordan-N3 / 2012年),而且新病例在基因上有所不同(第B条)。[12]

MERS-CoV不同于SARS冠状病毒,也不同于普通感冒冠状病毒和已知的地方性人类β冠状病毒HCoV-OC43和HCoV-HKU1。[13]直到2013年5月23日,MERS-CoV经常被称为SARS样病毒,[14]或简称为新型冠状病毒,更早前在留言板上俗称“ Saudi SARS”。

到2017年,已报告了2,000多例MERS,病死率> 30%。[15]到2015年,已对182个基因组进行了测序(人类94个,单峰骆驼88个)。所有序列> 99%相似。基因组可以分为两个进化枝-A和B-大多数情况是由进化枝B引起的。人类和骆驼菌株混杂在一起,提示发生了多次传播事件。

起源
2012年在沙特阿拉伯报告了第一例确诊病例。[13]埃及病毒学家阿里·穆罕默德·扎基(Ali Mohamed Zaki)博士从该人的肺中分离并鉴定出以前未知的冠状病毒。[16] [17] [18] Zaki博士随后于2012年9月24日在ProMED邮件中发布了他的发现。[17] [19]分离出的细胞表现出细胞病变效应(CPE),呈四舍五入和合胞体形成的形式。[19]

2012年9月发现第二起病例,一名生活在卡塔尔的49岁男性出现类似的流感症状,该病毒的序列与第一起病例几乎相同。[13] 2012年11月,类似的案件在卡塔尔和沙特阿拉伯出现。注意到另外一些病例,并伴有死亡,因此开始了对该新型冠状病毒的快速研究和监测。

尚不确定感染是单个人畜共患病事件随后人类之间传播的结果,还是感染的多个地理位置代表来自未知共同来源的多个人畜共患病事件。

利雅得大学的Ziad Memish及其同事进行的一项研究表明,这种病毒是在2007年7月至2012年6月之间的某个时间出现的,可能多达7种独立的人畜共患病传播。在动物储库中,冠状病毒具有广泛的遗传多样性,尽管数据有限,但患者的样本显示出相似的基因组,因此是共同的来源。通过分子时钟分析已确定,EMC / 2012和England / Qatar / 2012的病毒可追溯到2011年初,表明这些病例是由单一的人畜共患病事件引起的。似乎MERS冠状病毒已经在人类中传播了一年多,没有被发现,这表明来自未知来源的独立传播。[20] [21]

向性
在人类中,该病毒对非纤毛支气管上皮细胞具有强烈的嗜性,并且已显示可有效规避这些细胞中的先天免疫应答并拮抗干扰素(IFN)的产生。这种嗜性是独特的,因为大多数呼吸道病毒都针对纤毛细胞。[22] [23]

由于MERS-CoV和SARS-CoV在临床上有相似之处,因此建议它们可以使用相同的细胞受体。外肽酶,血管紧张素转换酶2(ACE2)。[24]然而,后来发现重组抗体中和ACE2不能预防MERS-CoV感染。[25]进一步的研究确定二肽基肽酶4(DPP4;也称为CD26)是MERS-CoV的功能性细胞受体。[23]与其他已知的冠状病毒受体不同,感染不需要DPP4的酶促活性。不出所料,DPP4的氨基酸序列在物种间高度保守,并在人支气管上皮和肾脏中表达。[23] [26]蝙蝠DPP4基因似乎已经对冠状病毒感染做出了高度适应性进化,因此导致MERS-CoV的血统可能在蝙蝠群体中传播了很长一段时间,然后才传播给人们。[27] ]

传输
另请参阅:中东呼吸综合征冠状病毒爆发
2013年2月13日,世界卫生组织指出“人与人之间持续传播的风险似乎很低。” [28]肺部MERS-CoV细胞感染仅占呼吸道上皮细胞的20%,因此很可能需要吸入大量毒粒才能引起感染。[26]

马里兰州贝塞斯达市国立卫生研究院的Anthony S. Fauci博士说,到目前为止,MERS-CoV“根本没有以持续的人对人方式传播”。 Fauci博士说,存在潜在的危险,因为该病毒有可能突变为确实会在人与人之间传播的毒株。[29]

但是,医护人员的感染已引起人与人之间的传播。[30]

疾病控制与预防中心(CDC)列出MERS在人与人之间是可以传播的。[31]在他们的常见问题解答中,回答“ MERS-CoV是否在人与人之间传播?”的问题,他们回答“ MERS-CoV已显示在密切接触的人之间传播。从感染患者到医疗保健人员的传播也[32]《纽约时报》也有一篇文章对此提供了一些相关的背景信息。[33]

但是,在5月28日,美国疾病预防控制中心(CDC)透露,最初被认为是人与人之间传播的第一起事件的伊利诺伊州男子(在商务会议上来自印第安纳州男子)实际上对MERS-CoV呈阴性反应。在使用中和抗体测定法完成其他更明确的测试后,疾病预防控制中心的专家得出结论,印第安那州患者未将病毒传播给伊利诺伊州患者。测试得出的结论是,该伊利诺伊州男子先前未曾感染。当患者未出现症状时,有可能发生无声MERS。早期研究表明,多达20%的病例没有活动性感染的迹象,但血液中有MERS-CoV抗体。[34]

演化
该病毒似乎起源于蝙蝠。[35]该病毒本身是从蝙蝠中分离出来的。[36]该病毒与蝙蝠冠状病毒冠状病毒HKU4和Pipistrellus蝙蝠冠状病毒HKU5密切相关。[37]血清学证据表明,这些病毒感染骆驼至少已有20年了。几种人类毒株的最新祖先可追溯至2012年3月(95%置信区间为2011年12月至2012年6月)。[38]

迄今为止的证据表明,这种病毒已经存在于蝙蝠中一段时间****,并在1990年代中期传播到骆驼。该病毒似乎在2010年代初从骆驼传播到人类。蝙蝠的原始宿主物种和该物种的初始感染时间尚未确定。

对238个分离株的序列检查表明,该病毒已进化为三个进化枝,密码子使用,寄主和地理分布均不同。[39]

天然水库
早期研究表明,该病毒与埃及墓蝠中发现的一种病毒有关。 2012年9月,Ron Fouchier推测该病毒可能起源于蝙蝠。[40]纽约哥伦比亚大学的流行病学家伊恩·利普金(Ian Lipkin)的工作表明,从蝙蝠分离出的病毒看起来与人类发现的病毒相符。[41] [42] [43]在加纳的Nycteris蝙蝠和欧洲的Pipistrellus蝙蝠中检测到2cβ冠状病毒,它们与MERS-CoV病毒在系统发育上相关。[44]然而,直到2013年8月9日,人类感染病毒的主要天然水库仍然未知,《柳叶刀传染病》杂志上的一份报告显示,阿曼骆驼的50个血清中有50个(100%)来自血清,而105个血清中有15个(14%)来自阿曼骆驼。 )来自西班牙骆驼,具有针对MERS-CoV穗状蛋白的蛋白特异性抗体。欧洲绵羊,山羊,牛和其他骆驼科动物的血清中没有这种抗体。[45]

2013年9月5日,RA Perera等[46]在《欧洲监视》杂志上发表了一项血清流行病学研究,不久后他们对1343人和625动物血清进行了研究,结果表明,在110埃及单峰骆驼中,MERS-CoV特异性抗体大量存在骆驼,但该区域的其他动物如山羊,牛或绵羊则没有。[46]这是第一批重要的科学报告,显示了“单峰骆驼”作为MERS-CoV储库的作用。

最近的工作将骆驼与病毒联系起来。 国外《新兴传染病》杂志的预先印刷记录显示,单峰骆驼犊牛和成年牛冠状病毒感染,与人类进化枝B MERS-CoV的基因组匹配99.9%。[47]

据了解,至少有一名患MERS的人接触过骆驼或最近喝了骆驼奶。[48]

沙特阿拉伯和阿拉伯联合酋长国等国家生产和消费大量骆驼肉。非洲或澳大利亚蝙蝠可能会藏有病毒并将其传播给骆驼。从这些地区进口的骆驼可能将病毒携带到了中东。[49]

2013年,在卡塔尔谷仓的一个骆驼骆驼群的三名成员中发现了MERS-CoV,该成员与两例已确诊的人类病例相关,此后已康复。卫生部国家公共卫生与环境研究所(RIVM)和荷兰伊拉斯mus医学中心(WHO合作中心)证实了骆驼中存在MERS-CoV。收集样本时,没有骆驼显示出任何疾病迹象。卡塔尔最高卫生委员会于2013年11月建议,患有潜在健康状况(例如心脏病,糖尿病,肾脏疾病,呼吸道疾病,免疫抑制的人和老年人)的人们在访问农场和市场时应避免与动物的任何近距离接触,并且保持良好的卫生习惯,例如洗手。[50]

2013年12月对沙特阿拉伯的单峰骆驼进行了进一步研究,发现90%的单峰骆驼中都存在MERS-CoV(310),这表明单峰骆驼不仅可能是MERS-CoV的主要储藏地,而且还可能是MERS-CoV的主要储藏地MERS的动物来源。[51]

根据2014年3月27日的MERS-CoV摘要更新,最近的研究表明,骆驼是MERS-CoV感染人类的****主要来源,而蝙蝠可能是该病毒的最终宿主。证据包括在暴露于人类病例的骆驼中发现病毒的频率,表明骆驼广泛传播的血清学数据,以及骆驼冠状病毒与人冠状病毒的相似性。[52]

2014年6月6日,《阿拉伯新闻》(Arab News)报纸在《新英格兰医学杂志》(New England Journal of Medicine)上强调了最新的研究发现,2013年11月,一名44岁的沙特阿拉伯男子饲养了9头骆驼,死于中东呼吸综合征。他的朋友说,他们目睹了在他自己患上MERS的七天前,他在一只病骆驼的鼻子上涂了局部用药(据报道其中四只病倒了鼻涕)。研究人员对在其中一只患病的骆驼中发现的病毒和杀死该人的病毒进行了测序,发现它们的基因组是相同的。 《阿拉伯新闻》在同一篇文章中报道说,截至2014年6月6日,沙特阿拉伯王国境内报告了689例中东呼吸综合征病例,死亡283例。[53]

分类
MERS-CoV与蝙蝠冠状病毒HKU4和HKU5(谱系2C)的关系比与SARS-CoV(谱系2B)更紧密相关(2、9),与它们的亲密关系,蝙蝠冠状病毒HKU4共享超过90%的序列同一性。 ,因此被国际病毒分类委员会(ICTV)认为属于同一物种。

助记符:
分类单元标识符:
学名:中东呼吸综合征冠状病毒[1]
通用名称:MERS-CoV
同义词:严重急性呼吸系统综合症冠状病毒
其他名称:
新型冠状病毒(nCoV)
伦敦1小说CoV / 2012 [54]
人类冠状病毒伊拉斯姆斯医疗中心/ 2012(HCoV-EMC / 2012)
秩:
血统:
›病毒
› ssRNA病毒
›组:IV; 正义单链RNA病毒
›订购:Nidovirales
›家庭:冠状病毒科
›子家族:Coronavirinae
›属:βcoronavirus [55]
›种:βcoronavirus 1(通常称为人冠状病毒OC43),人冠状病毒HKU1,鼠科冠状病毒,Pipistrellus蝙蝠冠状病毒HKU5,Rousettus蝙蝠冠状病毒HKU9,严重急性呼吸综合征相关冠状病毒,肺炎蝙蝠冠状病毒HKU4,MERS-CoV

微生物学
该病毒易于在Vero细胞和LLC-MK2细胞上生长。[19]

该病毒的受体是CD26(二肽基肽酶4)。[23]

研究与显露
沙特阿拉伯官员没有允许人类第一个分离株Zaki博士将病毒样本发送给Fouchier,当Fouchier要求获得中东呼吸综合征冠状病毒的全部基因序列显露时,他们感到愤怒。 57]

《经济学人》杂志的编辑说:“对安全的担忧一定不能减缓紧急工作。研究致命的病毒是有风险的。不研究致命的病毒则有更高的风险。” [57] Zaki博士因绕过手术而被开除在医院工作沙特卫生部在其公告中并分享了他的样本和发现。[58] [59] [60] [61]

在2013年5月的世界卫生大会年会上,世卫组织负责人陈冯富珍宣布,知识产权或新病毒株的显露不应限制国家通过限制科学调查来保护其公民。卫生部副部长齐亚德·梅米什(Ziad Memish)提出关切的是,拥有MERS-CoV病毒显露的科学家将不允许其他科学家使用显露材料,因此推迟了诊断测试的开发。[62]伊拉斯mus斯MC回应说,该显露申请并不限制对MERS冠状病毒的公共卫生研究,[63]并且该病毒和诊断测试是免费提供给所有需要这种试剂的人的。

制图
有许多作图工作专注于跟踪MERS冠状病毒。 2014年5月2日,启动了Corona Map [64],可在世界地图上实时跟踪MERS冠状病毒。该数据由各自的世界卫生组织或卫生部正式报告。[65] HealthMap还跟踪病例报告,并将新闻和社交媒体作为数据源纳入HealthMap MERS。[66]最后,韩国在2015年中期被感染,在186例感染病例中有38例死亡。

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